1973年的美国,政府以为他们找到了失踪许久的太空舱,却惊奇的发现其中幸存的宇航员都是人猿。原来在上一集引爆核弹、世界毁灭之前一刹那,曾帮助过泰勒的猿族亲人类派科学家兹拉和科尼利厄斯与另一博士同乘太空舱又从未来穿越回了现代。
而现代美国人对于这些会说话的“猴子”开始也十分好奇,领他们到处游玩,待其如上宾;但随着一次听证会的进行,美国政府从这些来自未来的人猿中得知“猿族不久将统治地球,而世界也最终会在人猿之战中彻底毁灭”的信息。这使美国政府对待猿人的态度陡然发生变化,总统高参最终决定对几个人猿进行绞杀。
此时,即将临盆的兹拉在好心科学家狄克逊和布兰登博士的帮助下,得到了这一讯息,并成功逃到了有动物做掩护的马戏团,在那里产下一子。然而在她其后携子逃亡的路上,兹拉不慎暴露行踪;美国政府军闻讯杀到后,一阵血雨腥风,却不想由此埋下了猿族崛起的种子……